يتميز المسجد بهيكله الفريد من نوعه وباستخدامه لأروقة (سلسلة من الأقواس ، كل تداخلات مضادة ، مدعومة بأعمدة أو أرصفة) و 99 قبة تستخدم في تسقيف ممر القبلة والأروقة والمحراب. الممرات عبارة عن سلسلة متتالية من الأقواس ، كل منها يتم دفعه في الاتجاه التالي ، مدعومًا بأعمدة أو أرصفة أو ممشى مغطى محاط بخط من هذه الأقواس على أحد الجانبين أو كلاهما. في المناخات الدافئة أو الرطبة. تم تصميم أركان مسجد الإمام محمد بن عبد الوهاب باستخدام الأقواس أو الأقواس القوطية التي تكتسح بالجبس وتخلق مساحة سقف مقببة مزينة بالثريات النحاسية متعددة الطبقات.

أهمية 99 قبة: عدد القباب ، 99 ، له معنى ديني مهم لأنه يوضح أسماء الله الحسنى ال 99.